수정수입세금계산서 발급에 관한 운영지침

제정 2013.  7. 26.

일부개정 2016.  8. 23.

일부개정 2017.  2.  9.

전부개정 2018.  3. 29.

일부개정 2022.  2.  7.

제1장 총칙

제1조(목적) 이 지침은 「부가가치세법」 제35조제2항부터 제5항까지의 규정 및 「부가가치세법 시행령」 제72조제2항부터 제8항까지의 규정에 따라 세관장이 수정수입세금계산서를 적법하게 발급하고 그 집행에 형평성․통일성을 도모할 수 있도록 운영에 필요한 세부사항을 제시함을 목적으로 한다.

제2조(정의) 이 지침에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “보정심사”란 「관세법」 제38조의2제2항에 따라 신고납부한 날부터 6개월 이내에(이하 “보정기간”이라 한다) 세관장이 납세의무자(이하 “수입자”라 한다)가 신고납부한 세액(보정한 세액을 포함한다)의 과부족 또는 세액산출의 기초가 되는 과세가격 또는 품목분류 등에 오류가 있는지 여부를 확인하는 것을 말한다.

2. “확장심사”란 세관장이 보정심사건과 동일한 세액오류의 발생 가능성이 있는 동일·유사 규격물품 등에 대하여 세액의 적정여부를 심사하는 것을 말한다.

3. “종합심사”란 「관세법」 제255조의2에 따라 수출입안전관리우수업체의 갱신을 위하여 공인유효기간 만료 전에 「수출입 안전관리 우수업체 공인 및 운영에 관한 고시」 제4조에 따른 공인기준의 충족 여부 등(수출입업체에 대해서는 통관적법성 적정여부를 포함한다)을 심사하는 것을 말한다.

4. “기업상담전문관”이란 수출입안전관리우수업체의 법규준수도 제고, 내부통제시스템 개선이나 그 밖의 공인기준(수출입업체에 대해서는 통관적법성 적정여부를 포함한다)을 점검하기 위하여 관리책임자의 협력파트너로 지정된 관세청 소속 공무원을 말한다.

5. “통관부서”란 「수입통관 사무처리에 관한 고시」 제4조제1항에 따라 수입신고물품에 대하여 수입신고 수리 등의 업무를 담당하는 부서를 말한다.

6. “납세심사부서”란 「수입통관 사무처리에 관한 고시」 제4조제2항에 따라 수입신고 수리 후 신고서의 보관․수정․보정․경정․경정청구 등의 업무를 담당하는 부서를 말한다.

7. “발생부서”란 「관세청 및 그 소속기관 정원과 조직에 관한 훈령」 제8조제1호에 따라 해당 부가가치세에 대한 세액경정의 사안이 발생한 부서를 말한다.

제3조(적용범위) 이 지침은 세관장이 「부가가치세법」(이하 “법”이라 한다) 제35조제1항에 따라 수입세금계산서를 발급한 후, 과세표준 또는 세액 등이 변경되어 기존에 발행된 수입세금계산서를 수정하는 경우에 대하여 적용한다.

제2장 일반원칙

제4조(수정수입세금계산서의 발급) ① 세관장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 법 제35조제2항제1호 및 「부가가치세법 시행령」(이하 “영”이라 한다) 제72조제2항 본문에 따라 수입자의 착오 또는 경미한 과실에 해당하는지 여부, 귀책사유의 유무와 관계없이 수정수입세금계산서를 발급하여야 한다.

1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 행위가 발생하기 전에 수입자가 수정신고하여 부가가치세를 징수하는 경우

가. 세관장이 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하는 행위

나. 관세조사의 통지 등 제5조 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위

2. 수입자가 보정신청하여 부가가치세를 징수하는 경우

3. 수입자가 경정청구하여 부가가치세를 환급하는 경우

4. 세관장이 감액경정 또는 환급결정하여 부가가치세를 환급하는 경우

5. 「관세법」 제28조제2항에 따라 수입자가 확정된 가격을 신고하여 부가가치세를 징수하거나 환급하는 경우

② 수입자의 착오 또는 경미한 과실로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 경우에는 법 제35조제2항제2호 및 영 제72조제2항 단서에 따라 세관장이 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하거나 수입자가 세관공무원의 관세조사 통지 등 제5조 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위가 발생하여 세관장이 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정할 것을 미리 알고 「관세법」에 따라 수정신고하는 경우라 하더라도 세관장은 수정수입세금계산서를 발급한다.

제5조(수정수입세금계산서의 미발급) 법 제35조제2항제2호 본문 및 영 제72조제3항에 따라 세관장은 제4조제2항의 경우를 제외하고 세관장이 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하는 경우나 수입자가 세관공무원의 관세조사 통지 등 다음 각 호의 어느 하나의 행위가 발생하여 세관장이 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정할 것을 미리 알고 「관세법」에 따라 수정신고하는 경우에는 수정수입세금계산서를 발급하지 않는다.

1. 관세조사, 관세 범칙사건에 대한 조사를 통지하는 행위

2. 세관공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위하여 현지출장이나 확인업무에 착수하는 행위

3. 그 밖에 제1호 또는 제2호와 유사한 행위

제3장 수정수입세금계산서 미발급의 사유 및 시기

제6조(세관장의 결정 또는 경정 행위) 제5조 본문에 따른 세관장이 결정 또는 경정하는 행위의 발생시기는 다음 각 호의 구분에 따른다.

1. 「관세법」 제38조의3제6항에 해당하는 경우: 세관장이 부족세액을 경정한 때(수입자가 세관장의 보정신청 통지에도 불구하고 보정신청하지 않아 세관장이 직접 경정하는 경우를 포함한다)

2. 「관세법」 제39조에 해당하는 경우: 세관장이 부과고지한 때

제7조(관세조사 통지 행위) 제5조제1호에 따른 관세조사 통지의 발생시기는 다음 각 호의 구분에 따른다.

1. 「관세법」 제114조제1항 본문에 따라 세관장이 수입자에게 관세조사를 사전통지한 경우: 동 통지서가 수입자에게 도달한 때

2. 「관세법」 제114조제1항제2호의 사전통지를 하게 되면 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없는 경우에 해당하는 경우: 수입자가 관세조사의 착수 사실을 처음으로 알게 된 때

제8조(관세 범칙사건 조사 통지 행위) 제5조제1호에 따른 관세 범칙사건에 대한 조사(「관세법」 제114조제1항제1호의 범칙사건에 대하여 조사하는 경우를 말하며 이하 “범칙조사”라 한다)를 통지하는 경우에는 수입자가범칙조사의 착수 사실을 처음으로 알게 된 때(임의 현장방문, 압수수색 개시, 출석요구의 경우 등 중 빠른 때)를 해당 행위의 발생시기로 본다.

제9조(현지출장 또는 확인업무에 착수 행위) ① 제5조제2호에 해당하는 경우에는 세관공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위하여 현지출장이나 확인업무에 착수하여 수입자가 이를 처음으로 알게 된 때를 해당 행위의 발생시기로 본다.

② 제1항에 따른 현지출장이나 확인업무에 착수하는 행위에는 다음 각 호의 행위가 포함된다.

1. 수출입안전관리우수업체에 대한 종합심사를 위해 현장심사를 개시하는 행위

2. 관세조사ㆍ범칙조사 의뢰(예: 사전세액심사건)에 따라 세액탈루를 확인하기 위하여 수입자에게 자료제출 등을 요구 하는 행위

③ 제1항에 따른 현지출장이나 확인업무에 착수하는 행위에는 다음 각 호의 행위가 포함되지 않는다.

1. 통관부서에서 수입신고 수리전에 자료 등의 제출을 요구하는 행위

2. 납세심사부서에서 수입자의 보정신청, 수정신고, 경정청구에 대한 심사과정에서 자료 등의 제출을 요구하는 행위

3. 납세심사부서 등에서 보정심사 또는 확장심사 과정에서 세액의 오류가능 정보를 수입자에게 안내하는 행위(수입자가 이에 따라 보정신청․수정신고를 하는 경우로 한정한다)

4. 세관의 기업상담전문관(AM, Account Manager)이 세액의 오류가능 정보를 수입자에게 안내하는 행위(수입자가 이에 따라 보정신청․수정신고를 하는 경우로 한정한다)

5. 「자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률」 제14조제2항에 따라 해당 수입신고를 수리한 세관장으로부터 원산지증빙서류의 내용에 오류가 있음을 통보 받은 경우(같은 법 제17조제1항에 따른 서면조사통지를 받기 전으로 한정한다) 또는 「원산지조사 운영에 관한 훈령」 제51조에 따라 원산지 자율점검 안내를 받은 경우

제10조(기타 유사 행위) 제5조제3호에는 다음 각 호의 행위가 포함되며 이 때의 해당 행위의 발생시기는 다음 각 호의 구분에 따른다.

1. 범칙조사 부서에서 「외국환거래법」에 따른 외환검사를 위해 수입자에게 사전에 착수를 통지한 경우: 수입자가 외환검사의 착수 사실을 처음으로 알게 된 때

2. FTA부서에서 수입물품에 대한 원산지조사(검증)를 위해 수입자에게 사전에 착수를 통지한 경우: 동 통지서가 수입자에게 도달한 때

제4장 수정수입세금계산서의 발급 사유(미발급의 예외)

제11조(공통 분야) ① 제4조제2항에 따라 세관장이 수정수입세금계산서를 발급하는 경우에는 다음 각 호의 경우가 포함된다.

1. 법 제35조제2항제2호나목에 해당하는 경우로서 합병에 따른 납세의무 승계 등으로 당초 수입자와 실제 수입자가 다른 경우

2. 영 제72조제4항제1호에 해당하는 경우로서 수입신고가 수리되기 전에 수입자가 세액을 납부하였으나 부족세액이 발생하여 수입신고가 수리되기 전에 수입자가 해당 세액을 수정신고하거나 세관장이 경정하는 경우

3. 수입자가 과세가격 결정방법, 품목분류, 세율 등에 의문이 있어 관세조사 등의 사전통지서가 도달되기 전에 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 행위를 한 경우로서 관세청장 등이 회신한 결과에 따라 회신을 받기 이전에 수입신고한 물품에 대하여 수입자가 수정신고하거나 세관장이 경정하는 경우(다만, 당초 사전심사 등의 결정의 기초가 된 수입자의 제시자료가 사실과 다르거나 사실관계 및 내용이 변경된 경우는 제외한다)

가. 「관세법」 제37조에 따른 과세가격 결정방법 등에 대한 사전심사 신청

나. 「관세법」 제86조에 따른 특정물품에 적용될 품목분류의 사전심사 신청

다. 「자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률」 제31조에 따른 원산지 등에 대한 사전심사 신청

라. 기타 세법의 적용 및 해석에 관해 기획재정부장관, 관세청장, 관세평가분류원장 등에게 질의

4. 영 제72조제4항제6호에 해당하는 경우로서 기타 수입자의 착오 또는 경미한 과실로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 경우

② 제1항제4호에서 “수입자의 착오 또는 경미한 과실”의 경우란 수입자로서의 통상의 주의의무를 태만히 하거나 해태한 경우(주의의무의 태만․해태한 정도가 중대하지 아니한 경우로 한정한다) 또는 주의의무를 충분히 하였음에도 과세표준 또는 세액에 오류가 발생한 경우를 말하며 이에 해당하는지 여부는 세관장이 과세표준 또는 세액의 오류가 발생한 양적 빈도, 질적 중요성 등을 종합적으로 판단하여 결정한다.

③ 제1항제4호에는 다음 각 호의 경우가 포함된다.

1. 수입자가 착오로 송품장(Invoice), 선하증권(B/L), 원산지증명서 등에 기재된 내용과 다르게 수입신고서를 잘못 작성한 것이 확인된 경우

(예시) 수입자 또는 신고인의 주의 소홀로 일부 수입건에 대하여 ① 인보이스 상의 통화와 다른 통화로 잘못 기입하거나 ② 다른 수입신고건의 운임을 잘못 기입하거나 ③ 수입신고를 하면서 여러 장의 인보이스 중 일부의 기입을 누락한 경우 등

2. 수입자가 그간 과세가격 및 세율 등을 제대로 신고하여 왔으나 수입자 내부 부서간 또는 수입자와 신고인(관세사 등) 간 업무착오로 일부 수입신고건에 대하여 신고오류가 발생된 경우로서 수입신고 시점 전후에 작성된 서류, 이메일 등을 통해 업무착오였음을 수입자가 세관장에게 입증하는 경우

(예시) 수입자가 그간 생산지원비를 과세가격에 포함하여 성실하게 수입신고하여 왔으나 일부 수입건(전체 수입건수의 1.5% 등)에 대하여 내부부서간 업무착오로 신고를 누락한 경우 등

3. 「관세법」 제42조의2제1항제8호의 수입자에게 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 보아 가산세를 면제하는 경우

4. 「관세법」 제39조제1항에 따라 세관장이 부과고지 하였으나 부족세액이 발생하여 다시 경정하는 경우

5. 수입자가 통상의 주의를 태만히 하거나 주의의무를 하였음에도 형식과 절차상의 일부 하자․오류를 인지하지 못하여 과세가격․세율․세액에 오류가 발생한 경우로서 이를 수입자가 세관장에게 입증하는 경우

6. 수입자가 가격신고 시 과세가격의 결정에 관계되는 자료를 성실히 제출하는 등 가격신고는 제대로 하였으나, 신고인(관세사 등)이 수입신고서 상 과세가격 관련 항목을 잘못 작성하여 누락세액이 발생한 경우

(예시) ① 가격신고서 작성은 정확히 하였으나, 신고인의 주의 소홀 등의 사유로 수입신고서 작성 시 가산금액 기입을 누락하거나 ② 로얄티 등 과세가격에 가산하여야 할 금액을 충분히 확인할 수 있는 계약서를 가격신고 시 첨부 제출한 경우 등

7. 수입자가 수입물품의 거래조건 또는 해당 거래와 관련된 회계처리기준 및 방법 등이 변경된 것을 반영하지 못하여 일부 수입신고에 오류가 발생한 경우로서 그 밖의 수입신고에 대해서는 과세표준 및 세액을 적정하게 신고한 것이 「관세법」 제110조제2항제2호에 따른 관세조사 결과 확인되는 경우

(예시1) 가격정책 변경내용을 회계시스템에 반영하면서 수치입력 착오로 일시적으로 낮은 과세가격이 신고된 경우(변경 직후인 2개월은 신고오류가 발생하였으나, 전후 18개월은 적정 신고함)

(예시2) 해외 본사에서 가격정책을 변경하면서 적용시점에 대한 사실을 수입자의 재무부서가 통관부서에 정확하게 통지하지 않아 관세조사 대상기간이 되는 20분기 중 2분기에 해당하는 일부 수입신고 건에 대해 신고오류가 발생한 경우

(예시3) 글로벌 차원에서 가격정책을 개편하면서, 제품군별로 판매관리비 배분기준을 변경하였으나, 적시에 회계시스템에 반영하지 못해 전체 품목 중 10% 미만의 품목에 과거 통계가 반영된 결과 일부 신고오류가 발생한 경우

8. 세관장이 과세처분 결정에 대한 견해가 명확하지 않아 상급기관에 질의를 하여 결정하는 등 세법해석상의 의의(疑意)로 인한 견해 대립이 심한 경우

(예시) 과세여부에 대한 상반된 유권해석이 존재하고, 법 해석상에 불명확한 부분으로 의견 대립이 심하여, 기획재정부 질의를 통해 비로소 세관장이 과세여부를 확정한 경우

9. 세관장이 당초 경정한 처분에 대하여 관세청 내부 또는 감사원의 감사 지적에 따라 새로이 과세처분을 한 경우

(예시) 세관장이 경정한 처분한 사안에 대해 자체 감사부서에서 업무감사를 실시한 결과, 세관장의 과세가격 산정방법에 문제점을 지적하여 증액 재경정한 경우

10. 제1호부터 제9호까지 및 제12조제1항, 제13조, 제14조제1항, 제15조에서 정한 사항 외에 기타 수입자의 착오 또는 경미한 과실로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 경우

④ 세관장은 제1항부터 제3항까지에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 수정수입세금계산서를 발급하지 아니할 수 있다.

1. 수입자가 관세 관련 법령 및 고시 등에서 명백히 규정하고 있는 중요한 사항을 위반한 경우

2. 수입자가 금액의 크기 또는 항목의 성격 만으로도 실제와 다르게 신고되었음을 충분히 의심할 수 있는 사항에 대하여 수입자로서의 주의의무를 현저히 결여한 경우

3. 수입자가 과거 본인을 당사자로 한 세관장 등의 관세조사, 유권해석, 세액오류 가능성 정보의  안내 등에 비추어 보아 과세대상임을 충분히 인지가 가능한 사항에 대하여 수입자로서의 주의의무를 현저히 결여한 경우

⑤ 이 조에서 규정한 사항이 제12조부터 제15조까지에서 규정된 사항과 상충되는 경우 또는 제12조부터 제15조까지에서 정하지 않은 사항에 대하여는 이 조에서 규정한 사항을 적용한다.

제12조(과세가격 분야) ① 수입물품의 과세가격이 변경된 경우로서 제4조제2항에 따라 세관장이 수정수입세금계산서를 발급하는 경우에는 다음 각 호의 경우가 포함된다.

1. 수입자가 거래가격에 「관세법」 제30조제1항 각 호의 금액(이하 이 호에서 “가산요소”라 한다)을 포함하지 않은 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

가. 가산요소를 거래가격에 포함하려면 상당한 지식과 주의가 요구되어 수입자의 정확한 신고를 기대하기 어려운 경우

(예시1) 수입물품과 관련하여 제품개발비가 수입자와 수출자 이외의 제3자 간에 지급되어 수입자가 이를 인식할 수 없어 수입자에게 정확한 가격 신고의무 이행을 기대하는 것이 무리인 경우

(예시2) 수입자가 제3자에게 지급한 권리사용료로서 해외 상표권자와 수출자가 어떤 거래관계를 맺고 있는지 알 수 없고, 상표권자에 대한 권리사용료 지급의무가 수입물품 계약의 전제가 되는 거래조건인지를 파악하는데 전문성이 필요하여 부족세액이 발생한 경우

나. 수입자가 가산요소 금액의 누락 가능성을 직․간접적으로 인식하고 완전하지는 않더라도 이를 보완하려는 노력을 하였음을 수입자가 세관장에게 입증하는 경우

(예시) 해당 물품을 거래하는 업계의 일반적인 상거래 관행상 기술비, 광고료 등이 별도 지급되는 점을 고려해 수출자에게 관련자료의 제공을 요구하고 입수가능한 범위내에서 자료를 확보해 과세가격에 포함한 경우

2. 「관세법」 제31조부터 제35조까지에서 규정된 방법으로 과세가격이 결정되는 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

가. 수입거래 상황을 종합하여 볼 때 수입자가 신고한 과세가격 결정방법을 일반적인 상거래 관행 등에 비추어 정상적인 것으로 인식할 수 밖에 없음을 세관장에게 입증하는 경우

나. 「관세법」 제30조제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유를 인식하는 데에 상당한 지식과 주의가 요구되어 수입자의 정확한 신고를 기대하기 어려운 경우

(예시1) 수출자가 수입자에게 할인된 가격을 적용하여 물품을 공급한 경우에 해당 할인이 동종 업계의 상관행이며, 국내 주요경쟁사 역시 유사한 형태의 가격신고방법을 택하고 있어, 해당 할인을 정상적인 가격결정 방법으로 인식한 경우

(예시2) 수입자가 국내에서 지불한 하자보증비용이 수출자가 부담해야 하는 하자보증의무를 대신 수행하면서 거래가격에서 할인을 받은 것인지, 아니면 수입자가 스스로 판매촉진을 위해 집행한 것인지에 대한 명확한 판단에 어려움이 있는 경우

다. 무상물품의 과세가격 결정과 관련하여 유사물품과의 단가 차이를 점검하거나, 거래 상대방에게 과세가격의 적정성을 확인하는 등의 노력을 한 경우

(예시) 무상물품의 과세가격을 신고할 때에 동종·동질 또는 유사 물품과의 단가 차이를 점검하고, 판매자에게 가격정보(구입가격)를 확인하는 등 통상의 주의의무를 기울였음에도 세액오류가 발생한 경우

3. 「관세법」 제30조제2항 각 호의 금액을 거래가격에 과다하게 공제한 경우로서 수입자가 해당 금액을 산정하는 데에 상당한 지식과 주의가 요구되어 수입자의 정확한 신고를 기대하기 어려운 경우

(예시) 수출자가 제공한 국내발생비용 산출내역서에 따라 과세가격 공제금액을 신고하였으나, 해당 내역서 자체에 오류가 있거나, 국내발생 여부를 정확히 구분하는 데 어려움이 있어 일부 과다 공제된 경우

4. 세관장이 선행 관세조사시 사실관계를 확인한 사실이 있으며 과세처분을 하지 아니한 경우로써 과세가격 결정관련 중요한 사실관계가 동일한 경우

(예시) 세관장이 선행 관세조사를 할 때에 권리사용료 계약과 지급액을 검토하여 비과세 의견을 표명하였으나, 차기 관세조사를 할 때에 사실관계는 동일하나 수입물품과의 관련성이 있다고 판단하여 과세한 경우

5. 수입자가 세관장의 행정지도에 따라 과세가격을 신고하였으나, 관세조사시 과세가격 산정방식을 변경한 경우

(예시) 세관장의 납세안내에 따라 생산지원비를 수입신고 건별로 배분하였으나, 관세조사시 해당 배분방법에 일부 오류를 확인하여 이를 바로 잡아 과세한 경우

② 세관장은 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 수정수입세금계산서를 발급하지 아니할 수 있다.

1. 수입자가 수입신고를 할 때 반드시 검토․확인이 필요한 기초적인 내용에 대하여 상당한 전문성을 요하지 않고 통상적인 주의의무만으로도 충분히 인식할 수 있음에도 불구하고 정확한 납세신고를 하기 위한 노력이 없는 경우

(예시) 수입자가 외국 수출자에게 의류 임가공을 의뢰하면서 직접 구입해 제공한 원단 등의 가격(생산지원비), 수입자 본인이 직접 외환송금한 로열티․운송비 등을 과세가격에 포함시키지 않은 경우

2. 수입자가 신고된 과세가격이 특수관계자간 거래 등 수입거래 상황을 종합하여 볼 때 일반적인 상거래 관행을 벗어나거나 비정상적이라는 인식을 하고 있었을 것으로 인정됨에도 「관세법」 제30조제1항에 따라 과세가격을 신고한 경우 등

제13조(품목분류 분야) 수입물품에 적용하는 품목분류가 변경된 경우로서 제4조제2항에 따라 세관장이 수정수입세금계산서를 발급하는 경우에는 다음 각 호의 경우가 포함된다.

1. 「통일상품명 및 부호체계에 관한 국제협약」에 따른 관세협력이사회나 「관세법」에 따른 관세품목분류위원회에서 품목분류를 변경한 경우

2. 수입자가 세관장에게 세액심사를 받고 해당 세액심사 이후에 수입된 동일․유사 물품에 대하여 세관장으로부터 통보받은 품목분류를 적용하여 수입신고 한 경우

3. 수입자가 수입신고 당시 수출자로부터 제공받은 물품 설명서 등을 토대로 적절히 품목분류하여 신고하였으나, 설명서 등이 실제 수입된 물품과 다르게 표기되었음에도 이를 인지하지 못하고 품목분류하였음을 수입자가 세관장에게 입증하는 경우

4. 수입자가 관세청장 또는 관세평가분류원장, 세관장이 당해 수입물품과 유사한 물품에 대해 과거에 결정한 품목분류 사례, 기준 등을 참고로 품목분류하여 수입신고한 경우로서 이를 수입자가 세관장에게 입증하는 경우

5. 수입자가 수입신고를 할 때에 당해 물품에 적용할 품목분류를 제대로 신고하였으나 착오 또는 경미한 과실로 세율을 잘못 적용한 경우로서 이를 수입자가 세관장에게 입증하는 경우

6. 수입자가 자체 충분한 노력을 통해 기존 유권해석 사례, 판례 등에 비추어 품목분류를 신고한 경우로서 수입자의 과실이나 책임이 있다고 보기 어려운 경우

(예시1) 수입물품이 기존에 사전심사를 받은 물품과 형태․구조․기능이 거의 동일하여 신규 사전심사를 신청하는 것을 기대하기 어려운 경우

(예시2) 분석회보 결과에 따라 품목분류를 신고하였으나, 추후 품목분류 사전심사를 통해 회보 받은 결과와 품목분류가 달라 부족세액이 발생한 경우

(예시3) 통관단계에서 심사를 통해 세관에서 품목분류 정정을 요구하여 정정하였으나 추후 정정 조치한 신고 세번에 오류가 확인되는 경우

7. 유사한 구조·기능을 가진 물품의 품목분류에 관한 유권해석이 다양하며, 품목분류 변경고시가 되는 등 명확한 품목분류 결정에 어려움이 있는 경우

(예시) 물품의 형태․구조․기능이 복잡하여 품목분류 유권해석 상이 사례가 여러 건이 있고, 세관장, 분석소장, 분류원장도 다양한 품목분류 의견을 제시하는 등 정확한 품목분류 결정에 어려움이 있는 경우

제14조(협정관세 분야) ① 수입물품에 적용한 협정관세가 배제되는 경우로서 제4조제2항에 따라 세관장이 수정수입세금계산서를 발급하는 경우에는 다음 각 호의 경우가 포함된다.

1. 영 제72조제4항제2호에 해당하는 경우로서 수입자의 귀책사유 없이 「관세법」등에 따른 원산지증명서 등 원산지를 확인하기 위하여 필요한 서류가 사실과 다르게 작성․제출되었음이 확인된 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

가. 협정 또는 관련법령에 따라 수입자가 체약상대국의 수출자 등으로부터 제출된 원산지증빙서류를 갖추고, 제출된 사실과 일치하게 협정관세를 적용받았음을 수입자가 증명하는 경우

나. 원산지증명서 발급자(수출자 또는 생산자)의 파산․폐업 등 불가피한 사유로 원산지 관련 자료 입수․제출이 불가능한 경우

2. 영 제72조제4항제3호에 해당하는 경우로서 「자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률」 제36조제2항에 따라 가산세의 전부를 징수하지 않는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

가. FTA 체약상대국의 관세당국에 원산지 확인을 요청한 사항에 대하여 상대국 관세당국이 기간내 미회신한 경우

나. 체약상대국의 수출자 또는 생산자가 세관장 등의 요구자료를 기한내 미제출 또는 거짓 제출한 경우 등 수입자에게 정당한 사유가 있는 경우

3. 수출국 기관 또는 수출자 등이 발행한 원산지증명서 상의 원산지와 원산지 조사에 따른 원산지가 상이한 경우로서 다음 각 목의 요건을 모두 충족하는 경우

가. 수입자가 원산지증명서 상의 원산지확인을 위해 통상의 주의의무를 다한 경우

나. 원산지 판단에 근거가 되는 자료 또는 정보의 부실 제공 등의 행위에 해당하지 않는 경우

② 세관장은 제1항과 관련하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 단순착오 등을 제외하고 수정수입세금계산서를 발급하지 아니한다.

1. 수입자가 협정 또는 법령에 위반하는 원산지증빙서류를 작성․발급하여 협정관세를 적용받은 경우

2. 협정 또는 법령에서 정한 운송원칙을 위반하여 협정관세를 적용받은 경우

3. 협정 또는 법령에서 정한 중대한 요건을 위반한 원산지증명서로 협정관세를 적용받은 경우(다만, 수입자가 협정관세 적용신청을 하기 전에 수출자에게 요건을 확인한 경우에는 제외)

(중대한 요건 위반의 예시) 원산지증명서의 유효기한 경과, 무자격 발급권자(비당사국 수출자 등), 서명․인장 누락, 서식 상이

4. 협정관세 적용 신청 시 원산지증명서를 갖추지 아니하고 협정관세를 적용받은 것으로 확인된 경우

제15조(감면 분야) 수입물품에 적용한 감면이 배제되는 경우로서 제4조제2항에 따라 세관장이 수정수입세금계산서를 발급하는 경우에는 다음 각 호의 경우가 포함된다.

1. 영 제72조제4항제5호에 해당하는 경우로서 「관세법」 제38조제2항 단서에 따라 수입신고를 수리하기 전에 세액을 심사하는 물품에 대하여 감면대상 및 감면율을 잘못 적용한 경우

2. 「관세법」 제97조제1항 및 제98조제1항에 해당하는 경우로서 수입할 때에는 세관장이 정하는 기한내 재수출의 의사를 갖고 신고하였으나 수입자가 착오로 재수출기간을 도과하여 수출하거나 재수출기간 내에 세관장에게 용도외 사용 또는 양도승인을 받지 못하여  세관장이 면제·감면된 세액을 징수하는 경우

제5장 관세조사 통지 등에 따른 조치사항

제16조(미발급 등록) ① 세관장(발생부서)이 제6조부터 제8조까지, 제9조제1항 및 제10조에 따라 관세조사의 통지 등을 한 때에는 수정수입세금계산서가 발급되지 않도록 별표 1에 따른 조치를 하여야 한다.

② 관세조사 통지의 대상 등에 해당하지 않은 수입신고건에 대하여 수입자가 수정신고하는 경우에 수정수입세금계산서가 원활히 발급될 수 있도록 발생부서와 납세심사부서는 별표 3의 절차에 따라 수정수입세금계산서를 발급한다.

제17조(불복 등의 결과에 따른 조치) 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 부가가치세를 경정한 부서(발생부서) 또는 수정신고를 접수한 납세심사부서에서 수입자에게 수정수입세금계산서를 발급하여야 한다.

1. 이의신청, 심사청구, 심판청구, 「감사원법」에 따른 심사청구 또는 「행정소송법」에 따른 소송에 대한 결정이나 판결에서 수정수입세금계산서를 발급하도록 확정된 경우

2. 법 해석에 관한 질의 결과 법령해석 기관에서 수정수입세금계산서의 발급이 타당하다고 회신된 경우

제6장 수정수입세금계산서 발급신청의 접수와 처리

제18조(세액심사 중에 있는 사안) 세관장이 세액의 적정 여부를 심사 중에 있는 경우로서 수정수입세금계산서의 발급 또는 미발급 여부를 검토 중에 있는 사안에 대하여 수입자가 민원을 제기하는 경우에는 발생부서가 이를 접수하고 민원회신한다.

제19조(수정수입세금계산서 발급에 대한 사전 심의요청) ① 수입자는 관세조사 등의 결과통지를 받은 경우에 수정수입세금계산서의 발급 여부에 대해서 「관세법」 제118조의4에 따른 납세자보호위원회에 심의를 요청할 수 있다.

② 수입자는 발생부서가 속한 세관의 납세자보호담당관에게 제1항에 따른 심의를 요청하며, 납세자보호담당관은 별표 2의 절차에 따라 심의한다.

③ 그 밖에 사전 권리구제 절차에 관한 세부내용은 「관세청 납세자 보호에 관한 훈령」 및 관련 지침에 따른다.

제20조(수정수입세금계산서의 발급신청) ① 수입자는 추가 납부한 부가가치세에 대한 수정수입세금계산서를 발급받기 위해서는 제19조의 심의요청과는 별도로 영 제72조제6항에 따라 해당 부가가치세를 징수한 세관의 납세심사부서에 별지 제1호서식의 수정수입세금계산서 발급 신청서를 제출하여야 한다.

② 제1항에 따라 수정수입세금계산서 발급신청서가 접수된 경우 납세심사부서에서는 다음 각 호의 구분에 따라 처리한다. 이 경우 납세심사부서에서는 전자통관시스템 등을 활용하여 별표 3의 절차에 따라 수정수입세금계산서를 발급하거나 발급대상 여부를 발생부서에 확인요청한다.

1. 제17조의 경우: 영 제72조제7항에 따라 접수일로부터 2개월 이내에 수정수입세금계산서를 발급

2. 제1호에 해당하지 않는 경우: 제16조제1항에 따라 수정수입세금계산서의 미발급을 등록한 동일 세관 또는 다른 세관의 발생부서에 제1항 전단에 따라 접수한 신청서의 사본을 인계(내부 전자메일, 메모보고 등을 활용)

③ 제2항제2호에 따라 신청서의 사본을 인계받은 경우에 발생부서에서는 다음 각 호의 구분에 따른 조치를 하여야 한다. 이 경우 발생부서에서는 제19조에 따른 심의 결과를 반영하여 전자통관시스템을 통해 별표 3의 절차에 따라 등록하는 방법으로 납세심사부서에 통보한다.

1. 수정수입세금계산서의 발급이 타당한 경우: 발급 대상에 해당한다는 취지와 사유를 해당 납세심사부서에 통보

2. 수정수입세금계산서의 발급이 타당하지 않은 경우: 발급 대상에 해당하지 않다는 취지와 사유를 해당 납세심사부서에 통보(전자통관시스템 이외에 공문 등으로 서면 통지 병행)

④ 제3항에 따라 발생부서에서 전자통관시스템을 통해 수정수입세금계산서를 발급하도록 등록한 경우 해당 부가가치세를 징수한 세관의 납세심사부서에서는 수정수입세금계산서를 수입자에게 발급한다. 이 경우 수정수입세금계산서는 전자통관시스템에서 해당 부가가치세를 징수한 세관장의 명의로 자동으로 발급한다.

⑤ 제3항제2호에 해당하는 경우 납세심사부서에서는 영 제72조제7항에 따라 수입자에게 접수일로부터 2개월이내에 발급할 이유가 없다는 뜻을 통지하여야 한다.

부      칙 (2018. 3. 29.)

제1조(시행일) 이 지침은 2018년 3월 29일부터 시행한다.

제2조(일반적인 적용례) 이 지침은 2018년 1월 1일 이후 최초로 수정신고하거나 결정․경정하는 분부터 적용한다.

제3조(자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률에 따라 가산세가 전부 면제되는 경우의 적용례) 제14조제1항제2호의 개정규정은 2018년 2월 13일 이후 최초로 수정신고하거나 결정․경정하는 분부터 적용한다.

제4조(폐지 지시 등) 이 지침의 시행과 동시에 다음 각 호의 지시․지침은 폐지한다.

1. 「수입세금계산서 수정교부 신청서」의 접수 및 처리방안 시달 (심사정책과-2453(2017.9.20.)호)

2. 개정 부가가치세법 집행지침 시달(안내) (심사정책과-31(2018.1.3.)호)

부      칙 (2022. 2. 7.)

제1조(시행일) 이 지침은 2022년 2월 7일부터 시행한다.

제2조(미발급에 대한 사전 권리구제 절차 적용례) 제19조의 개정규정은 2022. 1. 1. 이후 관세조사 등의 결과를 통지한 분부터 소급하여 적용한다.

〔별표 1〕

관세조사 등을 통지한 경우 등에 조치할 사항

세관장은 이 법 시행일 현재 진행 중이거나 수입자에게 관세조사․범칙조사 등을 통지한 경우에는 반드시 ‘전자통관시스템(징수)’에 아래 절차에 따라 등록․처리할 것

□〔조치부서〕 관세조사・범칙조사 등 발생부서

□〔등 록 처〕 전자통관시스템 ⇨ 징수 ⇨ 수납 ⇨ 세금계산서관리 ⇨ 수정세금계산서발급제한업체등록

□〔등록시점〕관세조사통지일(도달기준) 또는 범칙조사 착수일*에 등록

* 범칙조사의 경우 관세포탈(부정환급, 부정감면 포함)사건에 한하며, 수입자가 인지하는 시점(압수수색 당일 등)에 등록

ㅇ 범칙사건 착수단서가 밀수, 지재권 등 위반 건인 경우 조사과정에서의 세액탈루사실이 확인될 때 등록

□〔등록내용〕사업자등록번호, 등록사유, 수입기간, 수입신고서(전체 또는 선택)

※ 해당조사 종결후(최종 세액정정 완료) 등록내역 삭제조치. 종합심사는 수정신고일 또는 관세조사 의뢰에 따른 관세조사 종결 후 등록 삭제

〔별표 2〕납세자보호위원회 심의절차(제19조)

수입자

(신청인)

관세조사, 원산지조사, 건별심사 등 결과 통지

납세자보호담당관

(발생부서 관할 담당관)

* 본청 심의 절차 : (세관 담당관) 본청심의 요청 → 본청 납보위 개최 → (보호관) 심의결과 통지

① 심의 요청

② 요청 접수

납세자보호담당관

→ 발생부서

③ 발생부서 의견조회

납세자보호담당관

④ 납보위 심의 개최

납세자보호담당관

→ 발생부서 & 수입자

⑤ 납보위 결과 통보

발생부서

⑥ 발급여부 관련조치

〔 심의요청 관할 구분 〕

세관	관할
인천본부 및 권역내 + 평택세관	인천세관 세관운영과(납세자보호담당관)
서울본부 및 권역내	서울세관 납세자보호담당관실
부산본부 및 권역내	부산세관 세관운영과(납세자보호담당관)
대구본부 및 권역내	대구세관 세관운영과(납세자보호담당관)
광주본부 및 권역내	광주세관 세관운영과(납세자보호담당관)

※ 납세자보호위원회 ‘사전 심의요청’과 ‘발급신청’ 절차 예시

□ 납세자보호위원회 사전심의 절차(지침 제19조)

ㅇ ’22. 1.  1. 관세조사 결과통지

ㅇ ’22. 1.  2. 사전 심의요청(수입자 → 납세자보호담당관)

ㅇ ’22. 1. 31. 심의결과 통지(납세자보호담당관 → 수입자 & 발생부서)

□ 발급신청 절차(지침 제20조)

1) 심의결과 통지 전후 수정신고 또는 통지전에 경정을 통해 세액을 납부한 경우

ㅇ ’22. 1. 15. 수정신고(수입자) 또는 경정(발생부서)

ㅇ ’22. 2.  1. 발급신청(수입자 → 세액을 납부한 세관의 납세심사부서)

- (납보위에서 발급을 결정한 경우) 세액을 납부한 경우에 발급신청이 가능하며, 세부절차는 지침 제20조에 따름

- (납보위에서 미발급을 결정한 경우) 불복을 제기하기 위해서는 발급신청하여 세액을 납부한 세관의 발급신청 거부처분 필요. 세부절차는 지침 제20조에 따름

2) 심의결과 통지 후 세관장이 경정하는 경우

ㅇ ’22. 2. 1. 경정(발생부서 → 수입자)

- 발생부서는 납보위 심의결과에 따라 경정할 때에 발급 / 미발급을 선택하여 경정

ㅇ ’22. 2. 15. 발급신청(수입자 → 세액을 납부한 세관의 납세심사부서)

- 불복을 제기하기 위해서는 발급신청을 하여야 하며, 세액을 납부한 세관의 발급신청 거부처분 필요. 세부절차는 제20조에 따름

〔별표 3〕

수정수입세금계산서 미발급건을 발급하려는 경우의 조치사항

1. 불복 등의 결과에 따라 수정수입세금계산서를 발급하는 경우

(제17조 및 제20조제2항제1호)

□〔처리방법 1〕‘전자통관시스템 ⇨ 징수 ⇨ 수납 ⇨ 세금계산서관리 ⇨ 수정세금계산서발급제한정정’ 화면을 통해 발급 조치

□〔처리방법 2〕본청에 ‘수작업 발급 요청 공문’ 발송

ㅇ (대 상) ①작업량이 많거나 ②발급제한 금액 중 일부만 발급이 필요한 경우

ㅇ (방 법) 발급이 필요한 건의 ①수입신고번호, ②납부고지번호, ③부가가치세 과세표준*, ④부가가치세 세액*, ⑤부가가치세 납부일을 기재하여 공문 발송(공문 수신처: 심사정책과 및 시스템운영팀)

* 일부만 발급하고자 하는 경우에는 전체 금액과 발급대상 금액을 구분하여 함께 기재

2. 수정수입세금계산서 발급신청이 접수된 건의 처리 방법

(제20조제2항제2호, 제20조 제3항․제4항․제5항)

수입자 수정신고

발생부서 경정

세액납부 / 수정수입세금계산서 미발급

수정수입세금계산서 미발급 현황 생성*

* ‘전자통관시스템 ⇨ 징수 ⇨ 수납 ⇨ 세금계산서관리 ⇨ 수정세금계산서발급제한정정’ 화면에서 확인 가능

수입자

(신청인)

① 발급

신청

② 접  수

납세심사부서

(해당 부가가치세를 수납한 세관)

③-1 신청서 사본 인계

③-2 발급대상 여부 확인 요청*

* 납세심사부서 ⇨ 발생부서

* ‘전자통관시스템 ⇨ 징수 ⇨ 수납 ⇨ 세금계산서관리 ⇨ 수정세금계산서발급제한정정’ 화면에서

발생부서 담당자에게 결재선을 지정하여 확인 요청 의뢰

④ 발급 여부 전산처리*

발생부서

* ‘전자통관시스템 ⇨ 징수 ⇨ 수납 ⇨ 세금계산서관리 ⇨ 수정세금계산서발급제한업체승인’ 화면에서 처리

발 급

미발급

전산 자동 발급

거부 통지(서면)

납세심사부서

※ 제한등록 업체가 아닌 일반 업체에 대한 수정신고서 처리 및 수정수입세금계산서 발급절차는 종전과 동일

■  [별지 제1호서식]

수정수입세금계산서 발급신청서

접수번호

접수일

처리기간

2개월 이내

1. 신청인

① 상   호

② 사업자등록번호

③ 대표자명

④ 생년월일

⑤ 사업장주소

⑥ 전화번호(연락처)

⑦ 전자우편 주소

2. 기존 발급 내역

⑧ 발급일

⑨ 수입세금계산서

발행번호

⑩ 수입신고번호

⑪ 납부고지번호

3. 신청 내용

구    분

변경 전

변경 후

사  유

등록번호

상    호

성    명

사업장주소

과세표준

세    액

기    타

「부가가치세법 시행령」 제72조제6항에 따라 수정수입세금계산서를 발급받기 위하여 위와 같이 신청합니다.

년     월     일

신청인

(서명 또는 인)

세관장

귀하

처 리 절 차

신청서 작성	□	접 수	□	검 토	□	결 재	□	수정수입세금 계산서 작성	□	발급
신청인		세관장		세관장		세관장		세관장

※ 발급받고자 하는 부분에 해당하는 부가가치세를 징수한 세관장에게 제출하시기 바랍니다.

첨부서류

발급신청 사유 증명서류

수수료

없음

210mm×297mm(일반용지 80g/㎡)

작 성 방 법

이 신고서는 아래의 작성방법에 따라 한글과 아라비아 숫자로 정확하게 적고, 거래금액은 원단위까지 표시합니다.

1. 신청인

① ~ ⑦: 신청서를 제출하는 수입자(사업자)의 인적사항을 적습니다.

2. 기존 발급내역

⑧ ~ ⑪: 기존에 발급된 세금계산서의 정보를 적습니다.

3. 신청 내용

~ : 수정이 필요한 항목에만 ‘변경 전’과 ‘변경 후’의 사항과 ‘그 사유’를 적습니다.

다만, 수입자가 부가가치세를 추가로 납부하였으나 해당 부가가치세를 징수한 세관장으로부터 이에 대한 수정수입세금계산서를 발급받지 못하여 발급을 신청하는 경우에는 ‘ 과세표준’과 ‘ 세액’의 ‘변경 후’ 란에 해당 금액을 원단위까지 정확히 적고, ‘사유’ 란에 발급받고자 하는 사유 이외에도 추가 부가가치세를 ‘납부한 일자’와 ‘납부고지번호’를 함께 적습니다.