| 내 용 |
가. 세척·살균의 복합기기가 관세법 제90조(학술연구용품의 감면세)의 규정에 의거 관세감면이 되는지 여부 (쟁점①)
나. 본 경정고지처분이 신의성실원칙 및 소급과세금지원칙을 위배하였는지 여부 (쟁점②)
[주문]
처분청이 2007. ㅇ. ㅇ. 청구인에게 한 관세 ㅇㅇㅇ원, 부가가치세 ㅇㅇㅇ원, 합계 ㅇㅇㅇ원의 경정처분은 이를 취소한다.
[이유]
1. 청구경위
가. 청구인은 2005. ㅇ. ㅇ. Washing Machines(모델 S944D-SH, 이하 '쟁점물품'이라고 한다)을 해외공급자 미국 GIRTON사로부터 수입신고번호 ㅇㅇㅇ-ㅇ5-ㅇㅇㅇ호로 수입신고하면서 수입요건확인은 '연구용품 국내제작곤란물품', 감면분납부호는 'A09000010304, 세관기재란에 “이 물품은 관세감면물품으로 1년간 사후관리를 함. 용도 외에 사용하거나 양도(양수·임대)·수출·폐기하고자 하는 때에는 미리 세관장 승인을 얻어야 함”으로 하여 관세법 제90조의 규정에 의한 학술연구용품 감면 신청을 ㅇㅇ세관장에게 하였고 ㅇㅇ세관장은 이를 그대로 수리하였다.
나.처분청은 세척기능을 하는 물품에 대한 사후심사결과, 쟁점물품의 관세감면이 잘못되었다고 판단하여 2006. 10. 2. 관세청에 질의하였고, 이에 관세청은 2007. 1. 30. 학술연구용품 감면대상에 해당하지 않는다고 회신하였다.
다. 처분청은 위 관세청 회신공문을 근거로 관세부과 제척기간이 도래함에 따라 관세법 제118조 제1항 제1호의 규정에 따라 별도의 과세전통지 없이 2007. ㅇ. ㅇ. 관세 등 ㅇㅇㅇ원을 경정고지 하였고 청구인은 이에 불복하여 처분청을 상대로 이의신청을 하였고 처분청은 2007. ㅇ. ㅇ. 이를 기각하였다.
라. 청구인은 이의신청 기각에 불복하여 2007. 11. 5. 심사청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장
가. 관세법 제90조 제1항 제3호에 의한 학술연구용품 감면대상 여부
청구인은 관세법 시행규칙 제37조(관세가 감면되는 학술연구용품) 제2항의 감면적용을 받은 기관이고, 쟁점물품은 학술연구용 기기로 동법 시행규칙 제37조 제1항 제2호 가목에 의하여 관세를 감면받은 기기로 개당 또는 셋트당 100만원 이상으로 국내에서 제작하기 곤란한 물품이라는 것을 한국기계산업진흥회장이 추천한 물품이므로 관세감면요건에 충족된다.
한편, 쟁점물품은 미국 FDA에서 인증한 바이오의약품 연구 및 신약개발에 필요한 장비 500억원 상당 중 그 일부 설비인 살균기(약 5억원 상당)로서 미국 FDA 규정에 적합하도록 바이오의약품 연구개발에 사용되는 모든 기자재, 초자기구, 포장용기 등을 산 또는 염기성 염을 포함한 세척액으로 세척하고 살균한 후 살균결과를 데이터화하여 다음 공정인 배양발효공정 및 정제공정에서 나온 데이터(미국 등 선진국 진출시 필요한 자료)와 함께 종합하여 미국 FDA에서 정한 공정과 합치하는지 여부를 비교 검토하는 신약 개발의 일괄공정이므로 쟁점물품인 세척·살균기만을 분리하여 학술연구용에 직접 사용하지 않는다고 판단하는 것은 잘못된 것이다.
처분청은 쟁점물품 카다로그에서 본 기기는 신약개발에 사용되는 집기 등을 세척·살균하는 물품이므로 과학기술 연구용에 직접 사용하지 않는다고 주장하고 있으나 쟁점물품은 세척살균공정 → 배양발효공정 → 정제공정으로 이루어지는 일괄공정에 사용되며, 신약 개발용으로 사용되는 기자재의 살균방법과 기자재의 재질 및 형태에 따라 적합한 세척살균방법을 써서 세척살균 효과를 검증하고 있고 제약업계의 신약 개발시 임상시험용 검체개발에 사용되는 기자재의 Endotoxin(내독소) 여부를 검증하고 있으며 검증된 데이터는 다음 공정인 배양발효공정, 정제공정에서 나온 데이터와 함께 선진국의 수출승인을 취득하기 위한 필수적인 기기이므로 신약개발에 필요한 최신기술의 세척·살균기능을 갖춘 장비가 집기 등의 세척 살균에 사용되면 과학기술연구개발에 직접 사용하지 않는다고 한 주장은 납득할 수 없다.
나. 소급과세금지 원칙 및 신의성실 원칙의 위배 여부
청구인은 학술연구용 등에 사용되는 연구용 장비의 관세 감면은 관세법 제90조 제1항 제3호 및 동법시행규칙 제37조 제1항의 정하는 바에 따라 관세를 감면받을 수 있는 국내 생산이 곤란한 물품으로 대당 100만원 이상인 물품이라는 사실을 확인할 수 있는 서류를 첨부하여 관세감면을 신청하여 관세감면을 받아왔다.
청구인은 당원이 설립된 이후(1989년) 지금까지 수백 건의 장비에 대하여 동일한 방법으로 관세감면(시행규칙 제8조에 의한 수입신고전 심사대상물품)을 받았으나 통관과정에서 직접 사용 여부가 쟁점화된 사실이 없었고 또한 쟁점물품에 대하여 인천세관에서 관세법 제102조에 의한 관세감면 물품의 사후관리를 한 후 2007.6.14. 사후관리를 자동 종결한 바 있고 이는 세관당국과 납세자가 적법한 행정처분이라는 인식을 가지고 있었고 동일한 사안에 대하여 장기간 동일한 방법으로 처리하였기에 감면관행이 정착된 것이다.
한편, 처분청은 관세감면을 받은 세척기 등을 의료기관에서 사용하는 등 사용목적이 모호함을 인지한 후에 현행 법규상 부당한 관세감면이라는 사실을 입증할 수 있는 법적 근거가 없는 것을 알고 2006. 10. 2. 관세감면의 적정 여부에 대하여 관세청에 질의하여 학술연구용품 감면 처리지침(통관-625호, 2007.1.30.)인 새로운 유권해석에 의거 추징한 것이므로 이는 쟁점물품의 관세감면이 적법하게 이루어졌고 오랜 관행에 의한 행위임을 묵시적으로 인정한 것이라고 볼 수 있고
관세청에서는 본 건과 관련하여 2007. 6. 21. 재경부에 관세법 제90조 제1항 제3호의 학술연구용품 등에 관한 규정 해석에 대해 질의하였고 2007. 9. 13. 재경부로부터 회신을 받았는바, 이와 같은 일련의 과정을 보더라도 위 회신은 이 건 관세감면에 대한 새로운 유권해석이므로 본 추징은 소급과세금지 원칙에 위배되는 것이다.
3. 처분청 의견
가. 관세법 제90조 제1항 제3호에 의한 학술연구용품 감면대상 여부
쟁점물품이 기자재의 살균방법과 살균효과를 검증하여 보다 성능이 좋은 기자재 개발을 연구 목적으로 한다면 학술연구용에 직접 공하는 물품이라고 할 수 있겠지만 쟁점물품의 용도 확인 결과, 신약개발에 사용되는 기자재, 초자기구 등의 세척·살균 등 주로 학술연구용품의 보조적 기능을 수행하는 장비로서 학술연구용 기자재 개발을 위해 수입된 것이 아님이 확인되었다.
또한, 쟁점물품이 제약업계의 신약 개발시 임상시험용 검체(시험재료로 쓰이는 생물)의 Endotoxin(내독소) 여부를 검증한다면 학술연구용에 직접 공하는 물품이라고 할 수 있겠지만 사실 확인 결과, 임상시험용 검체의 Endotoxin 여부를 검증한다는 것은 사실이 아니며 신약 개발을 위한 실험의 전처리 단계로 기자재를 세척·살균한 후 기자재의 Endotoxin 여부를 검증하여 세척·살균 효과를 확인하는 것이므로 학술연구용에 직접적으로 공하여진다고 볼 수 없다.
청구인은 쟁점물품이 신약 개발의 일괄공정에 투입되는 기기이기 때문에 쟁점물품만 분리하여 학술연구용에 직접 사용하지 않는다고 판단하는 것은 무리라고 주장하고 있으나, 수입신고시 제시된 당해물품의 성질과 당해 학술연구 과정을 고려하여 당해 학술용도에 직접 공하는 물품인지 여부에 따라 학술연구용 감면대상을 판단할 사항으로 수입신고후 일괄공정에 해당되는지 여부는 감면 요건이 아니며 실험과정에서 살균결과를 데이터화하는 것은 신약개발 이후 미국 FDA에 승인받을 때 참고자료로 제출하기 위한 것으로 이러한 이유로 쟁점물품을 학술연구용에 직접적으로 공하여진다고 보는 것은 지나친 확장해석이다.
또한 법원에서는 감면요건 규정 가운데에 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합된다고 판결하였고, 재정경제부(현 기획재정부) 및 관세청의 유권해석에서도 관세법 제90조 1항 제3호와 관련하여 학술연구용에 직접 공(사용)하는 물품만 그 감면대상으로 한다고 결정한 바 있다.
나. 소급과세금지 원칙 및 신의성실 원칙의 위배 여부
청구인은 쟁점물품이 학술연구용품으로 통관 과정에서 직접사용 여부가 쟁점화된 사실이 없었고, 쟁점물품에 대하여 사후관리를 한 후 2007. 6. 14. 사후관리를 종결한 것은 세관 당국과 납세자가 적법한 행정처분이라는 인식을 가지고 동일한 사안에 대하여 장기간 동일한 방법으로 처리하였기에 관행이 정착되었다고 볼 수 있으며, 관세청 학술연구용품 감면 처리지침(관세청 통관기획과-625, '07.1.30 )은 새로운 유권해석에 의거 소급하여 추징한 것이라고 주장하고 있으나,
과세관청이 쟁점물품의 감면여부에 대하여 통관과정에서 어떠한 문제를 제기한 적이 없이 승인하여 수리하여 왔다고 하여 이를 과세관청의 묵시적 또는 명시적인 의사표시가 있었다고 볼 수 없으며, 청구인은 쟁점물품을 최초로 통관하였고 쟁점물품의 사후관리와 관련하여 사후관리 종결기간이 도래하여 자동 종결 처리한 것은 행정기관의 내부행위일 뿐 납세의무자가 행한 하자있는 행정행위에 대해 그 하자를 치유하는 성격의 '처분'이 아니다.
또한, 관세를 감면하는 학술연구․교육․실험실습용품은 당해 학교의 교육과정 등을 참조하여 당해 용도에 직접 공하는 물품만이 해당되는 것으로, 교육현장에서 학생들에게 직접 공하는 물품만이 가능한 것이므로 교육현장에서 학생들에게 지식을 매개․전달하는 교육용 재료만이 관세 감면 대상물품(관세청 총괄 1275-4205 '84.11.16)이라는 지침에서와 같이 학술연구용 물품은 당해 용도에 직접 공하는 물품만 감면대상이 된다는 지침이 기존에도 존재하고, 과세하지 아니한다는 명시적 또는 묵시적 의사표시도 없었으므로 새로운 해석에 의한 소급과세로 볼 수 없다.
4. 쟁점사항
가. 쟁점물품은 관세법 제90조(학술연구용품의 감면세)의 규정에 의한 '학술연구용품'에 해당되어 관세감면이 되는지 여부 (쟁점①)
나. 본 경정고지처분이 신의성실원칙 및 소급과세금지원칙을 위배하였는지 여부 (쟁점②)
5. 심리 및 판단
가. 쟁점 ①에 대하여
1) 관련규정
가) 관세법 제90조 (학술연구용품의 감면세)
①항 다음 각호의 1에 해당하는 물품이 수입되는 때에는 그 관세를 감면할 수 있다.
1호 생략
2호 학교·공공의료기관·공공직업훈련원·박물관 기타 이에 준하는 재정경제부령이 정하는 기관에서 사용할 표본, 참고품, 도서, 음반, 녹음된 테이프, 녹화된 슬라이드, 촬영된 필름, 시약류 기타 이와 유사한 물품 및 자료
3호 제2호의 기관에서 학술연구용·교육용·훈련용 또는 실험실습용 및 과학기술연구용으로 사용할 물품 중 재정경제부령이 정하는 물품
나) 관세법시행규칙 제37조(관세가 감면되는 학술연구용품)
①항 법 제90조 제1항 제1호 및 제3호의 규정에 의하여 관세가 감면되는 물품은 다음 각 호와 같다.
1호 법 제90조 제1항 제2호의 규정에 의한 감면대상물품
2호 다음 각목의 1에 해당하는 것으로서 국내에서 제작하기 곤란한 것 중 당해 물품의 생산에 관한 업무를 담당하는 중앙행정기관의 장 또는 그가 지정하는 자가 추천하는 물품
가. 개당 또는 셋트당 과세가격이 100만원 이상인 기기
나. 가목에 해당하는 기기의 부분품 및 부속품
다) 학술연구용품 감면 여부 질의회신(재경부 관세제도과-833호, 2007. 9. 13.)
귀청에서 질의하신 “관세법 제90조 제1항 제3호 해석”과 관련하여 다음과 같이 알려드립니다.
가. 관세법 시행규칙 제37조 제1항 제2호의 국내에서 제작하기 곤란한 것 중 당해물품의 생산에 관한 업무를 담당하는 중앙행정기관의 장 또는 그가 지정하는 자가 추천하는 물품이라 할지라도 관세법 제90조 제1항 제3호에서 규정한 용도에 해당되어야 함.
나. 관세법 제90조 제1항 제3호의 학술연구용·교육용·훈련용·실험실습용 및 과학기술연구용에 직접 사용하는 물품이어야 함.
라) 학술연구용품 감면처리지침 시달(청 통관기획과-625호, '07.1.30)
의료기관 등에서 사용하는 수술용구 등 세척기와 빙질을 고르게 하는 정빙차량은 학술연구용품·교육용·훈련용·실험실습용에 직접 공하는 물품이 아니므로 학술연구용품 감면 대상에 해당하지 않습니다.
2) 사실관계
쟁점물품은 신약개발에 사용되는 집기(플라스크, 니들, 카보이, 핀셋, 홀더 등) 및 기계 부품(바늘, 실리콘 튜브, 금속제 트레이 등) 및 의약품을 담을 수 있는 바이알(vial) 등을 살균처리하기 위한 기기로 건조, 분사세척, 증기가열 기능을 수행하고 있다. 분사세척은 가성소다수로 된 세정액과 초순수에 의해 이루어지며 이와 별도로 분사방식에 의한 Rinsing기능이 있는데, 이 기능은 염기성용액으로 세척한 후 인산으로 중화시키는 기능과 쿨링기능(이 기능은 가열공기에 의하여 재료를 처리한 후 재료를 수작업으로 처리하기 위한 기능임)으로 나누어진다. 세척 및 살균 처리될 대상물품은 Wash Cabinet내에 Wash Cart로 적입된 상태에서 처리되는 것으로 아래 4개의 구성요소로 되어 있다.
① Washer Cabinet : 왕복 스프레이 헤드와 스프레이 니들로 구성되어 있고 스프레이 헤드 천장 트랙위에서 왕복하면서 분사하는 구조로 되어 있다.
② Wash Sump : 세정액을 저장하는 탱크로 박테리아 살균처리를 위해 세정액을 가열하는 스팀코일이 설치되어 있다.
③ Air Handling Unit : 송풍기로 캐비넷의 공기를 순환시키는 기능을 하면, 스팀코일로 외기에서 유입되는 공기내에 포함된 박테리아 살균처리를 위해 스팀코일로 공기를 가열하여 송풍기로 캐비넷내 공기를 순환시킨다.
④ Control and Monitoring : 각 구성성분을 제어·모니터링한다.
한편, 청구인은 수입신고시 쟁점물품에 대해 관세율표 품목번호 8422.20-0000(관세율 8%)호로 신고하였으나 관세청에서 관세평가분류원에 품목분류를 의뢰한 결과, 2007. 6. 11. 관세평가분류원에서 “본 기기는 바이오기술 및 바이오의약품 신약개발 과정에서 공정간에 교차 오염(박테리아 등)을 살균처리를 하기 위해 분사방식에 의한 세척기능(제8424호의 기능)과 스팀코일에 의한 가열(제8419호)기능을 수행하는 복합기계(제16부 주3 : 일체구조로 2개 이상의 별개기능을 수행)에 해당하는 것으로 본 기기의 주기능은 바이오 의약품 개발과정에서 발생할지 모를 박테리아 등의 살균처리를 위한 것으로 분사방식에 의한 세척기능은 살균에 수반되는 보조적 또는 부수적 기능으로 이러한 기능은 관세율표 제16부 주3 및 제84류 주7의 “두가지 이상의 기능을 수행하는 기계는 주된 기능을 주 용도로 하여 분류”에 따라 분류됨. 주기능 분류에 있어 당해기기에서 이루어지는 살균처리방식은 온도변화에 의한 스팀코일에 의한 증기가열 방식으로 이것은 제8419호 해설서(Ⅵ)살균장치 “이것은 증기 또는 비등수(때로는 가열공기)에 의하여 가열되는 공기 또는 쳄버로 구성되며 그 속에서 살균될 재료는 박테리아 등을 살균하는 데 충분한 고온에서 제품 또는 재료자체의 조직이나 물리적 상태를 변화시키지 않고 소요기간동안 유지시키는 장치”에 해당됨. 따라서 본 건 물품은 관세율표 제16부 주3, 84류 주7 및 8419호 해설서(Ⅵ)에 따라 HSK 8419.20-0000호에 분류한다”고 결정(품목분류과-108098호)하였다.
3) 판단
일반적으로 바이오 의약품의 개발공정 및 임상실험의 과정을 살펴보면, 연구개발용 실험기자재를 세척·살균·멸균과정 후 동 기자재에 균주(미생물)를 접종·배양하고, 배양균 정제과정을 거쳐 분말화한 다음 바이알 등 포장용기에 고체상태로 보관을 하고 고체상태의 시약을 용해시켜 액상화하여 최종 임상실험에 사용하고 있는 바, 이를 요약하면 ①세척·살균공정 ②멸균공정 ③발효배양공정 ④정제공정 ⑤임상실험용 의약품공정 등 5단계로 이루어진다.
한편, 쟁점물품은 자궁경부암 치료제, 독감백신, 고셔병(유전병) 치료제 등 바이오 의약품을 개발하기 위해 공정상 제1단계인 세척·살균공정에 투입되어 균주 배양기와 실험연구에 사용되는 각종 초자 실험용구(예: 스텐레스제 트레이, 폴리비닐, 핀셋, 니들, 플라스크)를 세척·살균하거나 제5단계에 있는 임상실험용 완성품(시약, 캡슐 등 치료제)을 담을 수 있는 바이알(Vial) 등 포장용기를 완성된 치료제를 담기 전에 무균상태로 유지하기 위해서 세척·살균하는 기능을 수행하고 있다.
쟁점물품의 세척·살균대상은 치료제 생산에 필요한 모든 용기, 실험용구로서 크게 ①균주 배양에 사용되는 유리용기 ②연구과정에 사용되는 각종 실험용구 ③캡슐, 시약 등 치료제(바이오 의약품)를 담는 포장용기로 구별되는데 쟁점물품은 이들 기기를 대상으로 하여 가성소다수로 된 세정액과 초순수를 이용하여 분사세척, 증기가열, 건조를 하여 무균상태로 세척·살균하는 데 그 주된 목적이 있다.
살피건대, 바이오 의약품 치료제 개발에 있어 특허권의 주요 실체가 되는 균주 배양이 핵심 공정으로 균주에 직·간접적으로 영향을 주는 각종의 실험기자재에 대한 청결·무균상태의 유지와 관리가 매우 중요하고, 동 연구의 일련과정에서도 외부환경에 대한 세균감염 차단과 균주의 무단 유출방지라는 안전장치도 확보되어야 하며, 특히 균주배양 및 정제과정에서 사용되는 각종 용기뿐만 아니라 임상실험용 의약품을 액상이나 분말 상태로 담아 놓은 포장용기가 완전한 무균상태가 되지 않으면 잔존하고 있는 박테리아 등이 자궁경부암 치료제 등 의약품을 감염시켜 임상실험에 치명적인 상태를 초래할 수 있으며 완벽한 임상실험도 이루어 질 수 없다고 판단된다.
또한, 관세평가분류원에서 쟁점물품에 대한 품목분류시 “본 기기의 주 기능은 바이오 의약품 개발과정에서 발생할지 모를 박테리아 등의 살균처리를 위한 것으로 분사방식에 의한 세척기능은 살균에 수반되는 보조적 또는 부수적 기능이다”고 한 점에서 통상 의료기관에서 사용하는 세척기능을 주 기능으로 하는 기기들과는 다른 점을 알 수 있다.
따라서, 바이오의약품의 개발과정과 쟁점물품이 행하는 기능 등을 종합 고려하고 또한 청구인은 과학기술부(현 교육과학기술부)와 산업자원부(현 지식경제부)의 출연금 및 사업비로 운영되고 있는 순수 정부출연 연구기관으로서 생산기술의 연구개발을 주 목적으로 하고 중소기업의 기술 실용화를 지원하고 있는 점과 각종 실험에 사용되는 기자재에 대한 내독소(Endotoxin) 잔류치도 미국 FDA 등에서 중요한 체크리스트 대상인 점을 볼 때, 쟁점물품은 바이오 의약품의 개발공정 및 임상실험 등 학술연구용에 직접적으로 공하는 물품으로 보여 진다. 그렇다면, 처분청이 쟁점물품에 대해 학술연구용에 직접 공하지 아니한다고 하여 관세법 제90조(학술연구용품의 감면세)의 규정에 따라 경정고지한 처분은 부당하다고 판단된다.
나. 쟁점 ②에 대하여
1) 관련규정
가) 관세법
(1) 제5조(법 해석의 기준과 소급과세의 금지)
① 이 법의 해석 및 적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.
② 이 법의 해석이나 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.
2) 사실관계 및 판단
본 쟁점은 위 쟁점①에서 청구인의 주장이 인용되어 그 심리의 실익이 없으므로 이를 생략한다.
6. 결 론
그렇다면, 청구인의 심사청구에 이유가 있다고 인정되므로 관세심사위원회의 심의를 거쳐 관세법 제128조 제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다. |
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